Пример вывода M3R-PDB.
Программа M3R-PDB (Missense Mutation Mapper and Randomizer for PDB files) - это кроссплатформенное решение на языке Python 2, упрощающее процесс создания компьютерных моделей белков, несущих соматические мутации. Программа принимает на вход следующие аргументы: 1) название гена, для которого необходимо выполнить поиск миссенс-мутаций; 2) имя PDB-файла имеющейся исходной модели одной из форм фермента, кодируемого указанным геном; 3) количество моделей, которые необходимо создать, и которые будут содержать по одной миссенс-мутации, выбираемой случайным образом. M3R-PDB решает задачу в полностью автоматическом режиме в несколько этапов. Первый этап заключается в подключении к БД соматических мутаций COSMIC и получении списка миссенс-мутаций заданного гена, включая гистологическую информацию. На втором этапе программа подключается к базе данных NCBI и получает список известных изоформ фермента, включая их FASTA-сиквенсы. Затем выполняется поиск изоформы, на которую картированы мутации в БД COSMIC, путём сверки позиций мутаций с сиквенсами полученных изоформ. На заключительном этапе M3R-PDB отбирает те мутации, которые можно внести в исходный PDB-файл модели (исходные аминокислотные остатки совпадают), выбирает случайным образом заданное количество мутаций и записывает набор PDB-файлов, каждый из которых содержит внесённую миссенс-мутацию.
Программа MDCrd2PDBS - это вспомогательная утилита, которая выполняет преобразование траектории в формате AMBER в набор PDB-файлов, и при этом решает проблему выбора небольшой части релевантных молекул воды из водного бокса для анализа. Программа сохраняет лишь те молекулы растворителя, для которых выполняется некоторое условие (близость к определённому остатку на протяжении заданного времени), и способна работать с неполными траекториями. В частности, её можно применять для получения предварительных данных, пока моделирование ещё не завершено.
Обе программы свободно доступны под лицензией GNU GPL.
Ссылки по теме:
