Общий вид программы Ligand Constructor.
Трёхмерная конструкция лиганда в режиме отображения Balls and Sticks
и цветовой схемой, соответствующей частичным зарядам.
В задаче конструирования новых лекарственных препаратов и поиска молекулярных мишеней важным этапом является конструирование трёхмерных структур молекул новых лигандов или модификация имеющихся структур. Выполнение таких операций в визуальном, интерактивном режиме оказывается зачастую более удобным и быстрым, а результат более качественным. Программа Ligand Constructor выполнена в виде трёхмерного редактора и позволяет как создавать структуры из отдельных атомов, так и из групп, находящихся в её базе данных, которая при необходимости может быть расширена пользователем самостоятельно. Навигация осуществляется с помощью мыши и поддерживает как режим вращения вокруг молекулы, так и свободный полёт, позволяющий рассмотреть любые её фрагменты. В отличие от многих других конструкторов молекул, Ligand Constructor оперирует кратными связями и может восстанавливать информацию о кратности связи (включая ароматические кольца) из файлов в формате PDB, традиционно не содержащих такой информации. Программа также может рассчитывать значения зарядов атомов эффективным методом выравнивания электроотрицательностей, отображать пространственную структуру лиганда с цветовой кодировкой по величине заряда атома и генерировать топологический файл молекулы лиганда, необходимый для работы программ HBDock и BioPASED. Для выбора отдельных молекул или частей молекулы в программе реализован интерпретатор выражений, похожих на выражения выборки программы RasMol. Визуализация молекул выполняется с помощью аппаратно-ускоренного режима OpenGL с использованием оптимизаций, доступных на современных видеокартах. Изображения, полученные в программе, можно экспортировать в один из распространённых графических форматов.
Ligand Constructor интегрируется с программой HBDock: в частности, позволяет сохранять структуру лиганда в файл топологии, понятный программе расчёта докинга. Кроме того, реализована поддержка сторонних плагинов как для различных форматов файлов, так и для расширения функциональности редактора. Программа поддерживает операционные системы семейства Microsoft Windows (начиная с Windows XP SP2) и Linux в графическом режиме, язык интерфейса – английский.
При использовании программы Ligand Constructor в опубликованной работе, пожалуйста, включите в неё следующую ссылку:
(not published yet)
Ссылки по теме:
