Общий вид программы GUI-HBDock в окне веб-обозревателя. Страница настройки параметров расчёта докинга.
Программа HBDock предназначена для выполнения задач по работе с трехмерными структурами белков и нуклеиновых кислот с целью поиска сайтов связывания низкомолекулярных лигандов. Она способна выполнять как слепой, так и однопозиционный докинг с различной степенью точности. Основной особенностью оригинальной методологии слепого докинга является иерархический алгоритм. Первая стадия алгоритма выполняет полный поиск и ранжирование по значимости всех полостей, карманов и бороздок как потенциальных сайтов связывания на молекулярной поверхности исследуемого биополимера. Вторая стадия алгоритма выполняет уточненный докинг лиганда для наиболее значимых сайтов связывания методом глобальной оптимизации на основе метода молекулярной динамики с температурным отжигом и управляемой деформацией поверхности потенциальной энергии комплекса белок-лиганд. Для программы разработана веб-версия GUI-HBDock, позволяющая сформировать задание в виде одного исполняемого файла, экспортировать этот файл на компьютер пользователя и обеспечить его исполнение. Программа GUI-HBDock позволяет в интерактивном режиме проверить и подготовить молекулы белка и лиганда для расчёта докинга, а также настроить его параметры. Программа также создает командные файлы (для операционных систем на базе Microsoft Windows® и Linux), которые позволяют сразу же запускать процесс расчетов на компьютере пользователя. Операционная система определяется автоматически, что позволяет пользователю не задумываться о выборе специфичных для операционной системы настроек. GUI-HBDock поддерживает все распространённые веб-обозреватели, а интерфейс поддерживает русский и английский языки. На веб-сайте программы присутствует справочное руководство и ссылки для скачивания программы расчёта докинга HBDock.
Тесты программы HBDock на большой серии комлексов белок-лиганд показали её превосходство в надежности, так процент успешного докинга равен 86%, тогда как наиболее цитируемые коммерческие программы докинга имеют не более 75% успешного докинга.
Программа HBDock использована для конструирования молекулы лиганда ингибитора РНК-полимеразы вируса гепатита С. Путем вариации боковых заместителей на основе α,γ-дикетонокислот конструируется вариант ингибитора с наибольшей энергией связи.
Вариант модели ингибитора, связанный в активном центре РНК-полимеразы вируса гепатита С.
При использовании программы HBDock и/или GUI-HBDock в опубликованной работе, пожалуйста, включите в неё следующую ссылку:
(not published yet)
Ссылки по теме:
