Общий вид программы GUI-BioPASED в окне веб-обозревателя. Страница настройки параметров оптимизации методом молекулярной динамики.
Существует несколько пакетов программ метода молекулярной динамики, позволяющих моделировать основные биополимеры. Однако работа с ними является достаточно сложной, особенно для экспериментаторов, не являющихся экспертами в области использования программных средств вычислительной структурной биологии. Разработана веб-версия GUI для программы метода молекулярной динамики BioPASED под названием GUI-BioPASED, позволяющая сформировать задание в виде одного исполняемого файла, экспортировать этот файл на компьютер пользователя, обеспечить его исполнение и, таким образом, частично автоматизировать часть работы, порождающую большинство ошибок. Создан дружественный межплатформенный интерфейс, который осуществляет проверку исходных данных, сообщает об ошибках и дает подсказки по возможным способам их решения. Программа GUI-BioPASED выполняет проверку PDB-файла пользователя, содержащего описание пространственной структуры и параметров модели, на совместимость с библиотекой топологий аминокислотных и нуклеотидных остатков программы моделирования BioPASED. Для проверки PDB-файл пользователя загружается на сервер и анализируется. В том случае, если этот PDB-файл содержит критические ошибки, выводится подробная информация о них. Если ошибки незначительные, программа проверки исправляет их и предлагает загрузить исправленный PDB-файл. Задание командного файла для выполнения вычислительного эксперимента максимально автоматизировано для пользователя, что практически исключает ошибки задания даже для начинающих пользователей. Программа BioPASED может исполняться как в среде операционной системы Microsoft Windows, так и в Linux. Пользователю, в зависимости от его операционной системы, предлагается загрузить архив с той или иной версией программы. Программа GUI-BioPASED полностью поддерживает все распространенные веб-обозреватели: Microsoft Internet Explorer (версии не ниже 6.0) и все обозреватели, основанные на его ядре (например, Maxthon), Mozilla FireFox (версии 2 и 3, в том числе версии для Linux), Opera, Google Chrome. Могут иметься некоторые различия в разметке страницы и внешнем виде элементов управления, которые, однако, не будут мешать работе с программой.
Интерфейс программы GUI-BioPASED поддерживает русский и английский языки. Помимо пользовательской части, программа GUI-BioPASED обладает развернутой системой администрирования, позволяющей настраивать различные аспекты ее работы, что позволяет легко адаптировать её к новым возможностям, которые могут появиться в программе моделирования BioPASED.
При использовании программы BioPASED и/или GUI-BioPASED в опубликованной работе, пожалуйста, включите в неё следующую ссылку:
Попов А.В., Воробьёв Ю.Н. 2010. Программа GUI-BioPASED для моделирования молекулярной динамики биополимеров с графическим пользовательским интерфейсом. Молекулярная биология. 44. 735–742.
Ссылки по теме:
